Dirge of Cerberus se déroule 3 ans après les événements de Final Fantasy VII. Depuis peu, un groupe de soldats nommé Deep Ground commence à semer la panique à Midgar. Enterrés dans les profondeurs de la ville depuis la chute du météore, ils se décident finalement à passer à l'offensive. Vincent Valentine, membre de l'AVALANCHE et ancien membre des Turks, ayant combattu Sephiroth aux côtés de Cloud il y a 3 ans, semble lié d'une certaine manière à ces attaques. Lui seul peut maintenant libérer le monde de cette menace.

Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son unos agentes, pertenecientes a una asociación altamente secreta del gobierno, encargados de controlar a los alienígenas. Ahora dos de estos agentes, uno veterano y otro recién incorporado, y que tienen como misión vigilar a los alienígenas que habitan en la ciudad de Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad.

Después de que la hija de 16 años de David Kim desaparece, se abre una investigación policial. Pero 37 horas más tarde y sin una sola pista, David decide buscar en el único lugar donde nadie ha buscado todavía y donde se guardan todos los secretos hoy en día: el ordenador portátil de su hija. David debe rastrear las huellas digitales de su hija antes de que desaparezca para siempre. Un thriller que se desarrolla en la pantalla del ordenador.